может ли отец выписать несовершеннолетнего сына

Мать, как собственник жилого помещения имеет право через суд снять с рег. учета сына, а вместе с ним обязаны и снять и несовершеннолетнего ребенка (внука)
На основании ст 20 ЖК РФ несовершеннолетние дети до 14 лет должны проживать по месту жительства их родителей (опекунов) .
У отца ребенка в этой квартире есть только право проживания до тех пор, пока собственник не снимет его с рег. учета вне зависимости от предстоящей продажи (ст. 209 ГК РФ) Поэтому нет никакого смысла доводить дело до суда . Раз квартира продается, с рег. учета будут сняты все!

выписать - нет, а продать - запросто.. А новый хозяин сына просто выставит за дверь.

бабушка продаст квартиру
а новый собственник выпишет всех прописанных

Разумеется имеет право. Кто может запретить отцу сняться с регистрационного учета? А и с ним снимут с учета ребенка. Или второй вариант - снимут с учета новые собственники в судебном порядке.
Не нарушайте закон - регистрируйте ребенка по месту проживания и не будет проблем.

Сам отец не выпишет, а вот собственник (бабушка) или новый собственник выпишет запросто

Бабушка может снять с регистрации и сына и его ребенка, поскольку они не члены ее семьи через суд.
Также новые хозяева могут снять с учета всех зарегистрированых в квартире за иск. зарегистрированых на момент приватизации и отказавшиеся от нее.

В Вашем случаи-НЕТ, А вот его мама может продать квартиру, так как она собственник, и при продаже самой квартиры, новые жильцы и покупатели смогут это сделать за нее! Можем помочь этого избежать, обращайтесь! Имеется судебная практика!

Какой же он отец, простите если что.... поскольку он не совершеннолетний то да ((( насколько мне известно, а вот был бы совершеннолетний - совсем другое дело!