мы с отцом владельцы 3 комнатной квартиры. я владелец 1\3 части, он 2\3. Сейчас делаем из одной квартиры 2, т. е. делим.

Оформляете между собой (как участники долевой собственности) Соглашение о разделе существующей квартиры в целях выдела 1/3 доли в натуре.
Заказываете Проект перепланировки и переустройства имеющейся у Вас в долевой собственности ОДНОЙ квартиры в ДВЕ раздельных, получаете (в соответствии с ЖК ОФ) Решение местной администрации о согласовании этого (перепланировки и переустройства) .
По завершении Переустройства и Перепланировки жилого помещения (подтверждается актом приемочной комиссии) , подаете документы в Кадастровую палату о постановке на кадастровый учет ВНОВЬ образованного объекта недвижимости (новой квартиры) и о кадастровом учете изменение преобразуемого объекта недвижимости (старой квартиры) . И получаете Кадастровые паспорты обеих квартир.
После этого с этими Кадастровыми паспортами и Вашим Соглашением о разделе квартиры (выделе доли в натуре) оправляетесь в Рег. службу (Росреестр) с Заявлением о внесении в ЕГРП записей об объектах недвижимости, образованных в результате вышеуказанных действий, о прекращении права долевой собственности на преобразованную квартиру и гос. регистрации прав каждого из Вас на соответствующую вновь образованную квартиру.
Удачи.

На все переделки должен быть проект. Иначе никто не выдаст технические паспорта.

вероятно получится только две однокомнатные

Вы не сможете данную квартиру в натуре в судебном порядке разделить на две, т. к. невозможно сделать два входа, два санузла и две кухни.
На дополнение отвечать нет смысла.

А вы техпаспорт на разделенные квартиры делали? В БТИ оформляли? Если нет, то верните стену на место и ничего больше делать не надо. Просто будете жить в разных квартирах. Если перепланировку узаконили, то надо идти от обратного. Просить разрешение на новую перепланировку, потом ее делать, потом узаконивать. А только потом делить заново все.

С новосельем.