если продаю квартиру менее 5 лет в собственности за 3,5 млн., покупаю за 6 млн. - нужно ли платить налог ?

Вы не написали в вопросе даты приобретения права собственности (и основание), с которой либо 3 года отсчитывать либо пять лет для продажи с освобождением от НДФЛ.
В комменте Вы пишите нечто про наследство, т. е. с основанием понятно, что безвозмездное, и нечто невнятное про дату. что то упоминая про 16 год.
На самом деле при наследовании с даты открытия наследства имущество у в собственности у наследника, а не с даты выдачи свидетельства о праве на наследство и/или регистрации права собственности в Росреестре.
Поэтому собственник вы может уже и более трех лет, и только в 16 году удосужились оформить доки.
Но возможно наследодатель умер менее трех лет назад, следовательно эта квартира менее трех лет у вас в собственности.
Следовательно у вас есть будет обязанность подать декларацию и заплатить НДФЛ. при этом есть право применить налог. вычет- стандартный 1 млн. руб.
Если доход от продажи 3,5 млн. вы единственный собственник. применяете 1 млн вычета (заявляете его), считаете остаток =2,5 млн. и с него 13% НДФЛ и платите его 325 тыс. руб.
При этом, если в этом же налог. периоде купили др. квартиру, и ранее однократ. правом на вычет при покупке не пользовались, то заявляете вычет при покупке, тут максимум с 2млн можно 260 тыс. вернуть.
Т. е. вы должны 325 тыс с продажи, а вам должны вернуть 260 тыс с покупки, вычитаете и платите НДФЛ с продажи только 65 тыс. руб.
Как заполнять все на сайте налоговой есть.

5 лет для тех квартир которые будут куплены после вступления в силу поправок

Вы покупали до того, как ввели новые новые поправки, значит вам надо ориентироваться на 3 года. Если вписываетесь в этот срок, то налога не будет. Если срок менее 3 лет, то налог будет независимо от покупки другого жилья.

нужно

Для вас - до 3-х лет. Если у вас менее 3-х лет - взаимозачетов по налогам нет.
Сначала оплатите налог на доходы, потом получите имущественный вычет (если он вам положен)

Вас не касается новый Закон .. Только недвижимости, приобретенный после 1ян. 2016 года.. См. №382-ФЗ Стаья 4 3. С квартиры за 6 млн. получите налоговы вычет в пределах 2млн., если прежде не пользовались. Ст. 220 НК РФ..