Можно ли, продав квартиру и купив новую в том же году делать два налоговых вычета- с продажи и покупки квартиры?

А зачем Вам, вообще, налоговый вычет с дохода от продажи, раз этот доход налогом НЕ облагается и НЕ декларируется?

продав квартиру, сделайте взаимозачет по ее цене приобретения.. НК РФ ст. 220..2..2) ..после приобретения новой - на 2 млн. р. вернёте подоходный налог..

Вы путаете два совершенно разных понятия.
Если бы вы владели проданной квартирой меньше 5 лет, вы бы обязаны были заплатить налог. При этом вы имеете право заявить не облагаемый налогом вычет со стоимости проданной квартиры в 1 млн. руб. То есть, если бы вы продали такую квартиру за 3 млн и заявили вычет в 1 млн, то налог платили бы только с суммы 3-1=2 млн. Обратите внимание, этот вычет не означает, что вам дадут миллион. Нет, просто он означает снижение на 1 млн суммы, с которой вы обязаны были бы заплатить налог. Но поскольку ваша проданная квартира была в вашей собственности более 5 лет, то вы вообще не платите за неё налог с продажи, стало быть, с чего вы будете заявлять вычет? )))
Совсем другое дело - возврат (а не вычет) подоходного налога при покупке квартиры. Вам вернут подоходный налог с суммы, уплаченной за квартиру, но не более, чем с 2 млн. (2 млн. х13%=260 тыс.) То есть, если вы купили квартиру за 1,5 млн, то подоходный вам и вернут с 1,5 млн. (1,5 млн х 13% = считайте сами, мне лень). А если вы купили квартиру за 3 млн, то вам всё равно вернут подоходный только с суммы 2 млн., а не с полной суммы покупки (с 3 млн), т. е. 260 тыс., а не 390 тыс.