Работаю в школе делопроизводителем...

В каждой организации в кадровом делопроизв. свои правила,
Кто-то трудовые договора подшивает в личное дело, кто-то хранит отдельно, неизменно одно что ТД составляется в двух экземплярах, один для работника, один для работодателя (где хранить - дело ваше)
Приказы о приеме на работу, переводе, увольнении составляются в 2экземплярах обычно- один в бухгалтерию, как основание к зарплате, другой- в отдел кадров - в папку с приказами по личному составу. Можете изготовить третий- для личного дела, а можно снять копию. Я снимаю копию, там уже есть подпись работника об ознакомлении с приказом, (нецелесообразно потом его гонять чтоб подписывал все три экземпляра)
Различного рода заявления могут хранится как в личном деле, так и в отдельной папке с надписью (основания к приказам по личному составу) Удобен и тот и этот способ

В личное дело надо складывать вас, что касается работника - приказы (да, делать экземпляр для ЛД) , договор, заявление, копии курсов повышения квалификации, листок по учету кадров - все в ЛД. В папке приказов тоже ложен быть подлинный приказ о приеме, переводе или увольнении
Так Вам удобнее работать, когда открываете ЛД и видите все - когда, куда, в какое время был переведен работник и т. п

как правило в личные дела входят копии приказов. Где хранить оригиналы- зависит от порядка, заведенного у вас в организации....