Если при устройстве на работу, работнику предлагают трудовой договор, в котором есть пункты, которые его не устраивают,

Теоретически может попросить исключить, потому что трудовой договор - это частный случай договора, а ДОГОВОР - это ДВЕ ДОГОВАРИВАЮЩИЕСЯ стороны (подробнее об этом Гражданский кодекс) .
На практике как правило - нет.
Потому что большинство пунктов закреплены в других ЛНА, локальных нормативных актах (ПВТР, положение о премировании и проч. ) Тогда получится, что если пункты из договора просто исключить, то все равно те же моменты будут действовать. А если в договоре прописывать противоречащие ЛНА условия - тоже ересь какая-то получится.
Но в самом деле, если в принципе пункт противоречит зак-ву, можно подписывать договор и смело пункт нарушать. Вчера на ответах был пример: в трудовом договоре прописано, что сотрудник не может уволиться, пока нет замены, и на поиск замены прописан месяц - бред.

Смотря какие пункты... Если они противоречат Тк РФ (например, такие пункты как запрет беременить, запрет после увольнения устраиваться на аналогичные должности...) , то даже если вы подпишите этот договор, юридической силы эти пункты иметь не будут.

Что именно вас смутило?

Тогда и устраиваться на такую работу нет смысла

В части оплаты труда работодатель находится в рамках действующей в организации системы оплаты труда, противоречащих этой системе пунктов в трудовом договоре не может быть по определению. Но если, например, в Положении об оплате труда или Колдоговоре закреплен размер дополнительного выходного пособия при увольнении диапазоном, а не конкретно: "выходное пособие в рамере 3-5 средних заработков", а работодатель предлагает вам в трудовом договоре три, то можно поторговаться и при условии заинтересованности в вас работодателя выбить 4 или 5. Конечно, если это еще какими-нибудь условиями в ЛНА не оговорено, например, зависит от должности.

В части правил внутреннего трудового распорядка возможны варианты. Так, например, в ПВТР оговорена 40-часовая рабочая неделя и 8 часовой рабочий день для работников организации. Но, к примеру, заключающая трудовой договор с работодателем женщина, имеющая ребенка в возрасте до 14 лет, имеет право (ст. 93 ТК РФ) претендовать на неполный рабочий день или неполную рабочую неделю. И это сразу можно оговорить в ТД в разделе "Режим рабочего времени".

В общем, конкретно нужно рассматривать то, что вы хотели бы в ТД изменить, на предмет соответствия ЛНА, законодательству и, конечно же, желаниям работодателя.

...Если они противоречат Тк РФ