Как рассчитать больничный совместителю? Есть больничный лист, работник проработал в организации 2 месяца?

Ни как. Можете процитировать работнику действующее законодательство, а именно федеральный закон №343-фз от 08.12.2010 г. :
Если застрахованное лицо на момент наступления страхового случая занято у нескольких страхователей, а в двух предшествующих календарных годах было занято у других страхователей (другого страхователя) , пособия по временной нетрудоспособности, по беременности и родам, ежемесячное пособие по уходу за ребенком назначаются и выплачиваются ему страхователем по одному из последних мест работы (службы, иной деятельности) по выбору застрахованного лица.

Так как работник не трудился в вашей организации в 2011 и 2012 годах и, вероятнее всего, предъявил к оплате еще один листок по основному месту работы, то больничный ему оплачивать не нужно. В данном случае листок нетрудоспособности будет просто документом, подтверждающим отсутствие человека на работе по уважительной причине.

В случае, если застрахованное лицо на момент наступления страхового случая занято у нескольких страхователей и в двух предшествующих календарных годах было занято у тех же страхователей, пособия по временной нетрудоспособности, по беременности и родам назначаются и выплачиваются ему страхователями по всем местам работы (службы, иной деятельности) , а ежемесячное пособие по уходу за ребенком - страхователем по одному месту работы (службы, иной деятельности) по выбору застрахованного лица и исчисляются исходя из среднего заработка, определяемого в соответствии со статьей 14 настоящего Федерального закона, за время работы (службы, иной деятельности) у страхователя, назначающего и выплачивающего пособие. (часть 2 в ред. Федерального закона от 08.12.2010 N 343-ФЗ) 2.1. Если застрахованное лицо на момент наступления страхового случая занято у нескольких страхователей, а в двух предшествующих календарных годах было занято у других страхователей (другого страхователя) , пособия по временной нетрудоспособности, по беременности и родам, ежемесячное пособие по уходу за ребенком назначаются и выплачиваются ему страхователем по одному из последних мест работы (службы, иной деятельности) по выбору застрахованного лица. (часть 2.1 введена Федеральным законом от 08.12.2010 N 343-ФЗ) 2.2. Если застрахованное лицо на момент наступления страхового случая занято у нескольких страхователей, а в двух предшествующих календарных годах было занято как у этих, так и у других страхователей (другого страхователя) , пособия по временной нетрудоспособности, по беременности и родам назначаются и выплачиваются ему либо в соответствии с частью 2 настоящей статьи страхователями по всем местам работы (службы, иной деятельности) исходя из среднего заработка за время работы (службы, иной деятельности) у страхователя, назначающего и выплачивающего пособие, либо в соответствии с частью 2.1 настоящей статьи страхователем по одному из последних мест работы (службы, иной деятельности) по выбору застрахованного лица. (часть 2.2 введена Федеральным законом от 08.12.2010 N 343-ФЗ) ФЕДЕРАЛЬНЫЙ ЗАКОН № 255-ФЗ от 29.12.2006 ОБ ОБЯЗАТЕЛЬНОМ СОЦИАЛЬНОМ СТРАХОВАНИИ НА СЛУЧАЙ ВРЕМЕННОЙ НЕТРУДОСПОСОБНОСТИ И В СВЯЗИ С МАТЕРИНСТВОМ

Документы:
ФЕДЕРАЛЬНЫЙ ЗАКОН № 255-ФЗ от 29.12.2006