Скажите, остались ли работодатели, которые оформляют по трудовому договору? Не гражданско-правовому?

конечно как минимум все бюджетники и муниципалы

никогда по договору ГПХ не работала, всегда только трудовой договор. не пошла бы я работать в шарагу, заменяющую трудовой договор гражданско-правовым.

1. Не важно, по какому договору работает работник, по ГПД или по ТД - работодатель все равно обязан платить НДФЛ, ОМС и делать отчисления в ПФ...
2. Не знаю ни одной серьезной компании, где бы работники работали по ГПД... По закону, к работам по ГПД сотрудники могут привлекаться только в случае выполнения работ, не связанных с основной производственной деятельностью компании... Ну, например, на машиностроительном заводе нельзя взять на работу по договору подряда токарей или фрезеровщиков, а вот строителей для ремонта бытовых и производственных помещений - можно...

Всегда работала только по ТД, никогда не встречала работодателя предлагавшего другие условия.

Везде, где работа предполагает ежедневное выполнение текущих обязанностей, людей принимают по трудовому договору. Никто не будет по ГПД брать сотрудника на постоянную должность, да и закон это запрещает. Если вдруг Вам предлагают таким образом оформиться на работу, например, бухгалтером (не для подготовки к одному конкретному аудиту, а для текущего ведения отчётности).
Но если Вы ищете проектную деятельность, то, естественно, и договор Вам предлагают подрядного типа, а не постоянный.

знаю компании, где вообще работников оформляют как ИП и платится только налог 6%, никаких взносов в ПФР и ФСС.
большинство все таки работают по ТД.

Добавляю, к выше данным ответам:
"Трудовой кодекс Российской Федерации" от 30.12.2001 N 197-ФЗ (ред. от 29.07.2017)
Статья 19.1. Трудовые отношения, возникающие на основании трудового договора в результате признания отношений, связанных с использованием личного труда и возникших на основании гражданско-правового договора, трудовыми отношениями
Признание отношений, возникших на основании гражданско-правового договора, трудовыми отношениями может осуществляться:
лицом, использующим личный труд и являющимся заказчиком по указанному договору, на основании письменного заявления физического лица, являющегося исполнителем по указанному договору, и (или) не обжалованного в суд в установленном порядке предписания государственного инспектора труда об устранении нарушения части второй статьи 15 настоящего Кодекса;
судом в случае, если физическое лицо, являющееся исполнителем по указанному договору, обратилось непосредственно в суд, или по материалам (документам), направленным государственной инспекцией труда, иными органами и лицами, обладающими необходимыми для этого полномочиями в соответствии с федеральными законами.
В случае прекращения отношений, связанных с использованием личного труда и возникших на основании гражданско-правового договора, признание этих отношений трудовыми отношениями осуществляется судом. Физическое лицо, являвшееся исполнителем по указанному договору, вправе обратиться в суд за признанием этих отношений трудовыми отношениями в порядке и в сроки, которые предусмотрены для рассмотрения индивидуальных трудовых споров.
Неустранимые сомнения при рассмотрении судом споров о признании отношений, возникших на основании гражданско-правового договора, трудовыми отношениями толкуются в пользу наличия трудовых отношений.
Если отношения, связанные с использованием личного труда, возникли на основании гражданско-правового договора, но впоследствии в порядке, установленном частями первой - третьей настоящей статьи, были признаны трудовыми отношениями, такие трудовые отношения между работником и работодателем считаются возникшими со дня фактического допущения физического лица, являющегося исполнителем по указанному договору, к исполнению предусмотренных указанным договором обязанностей.