вопрос об оплате часов переработки по итогам года

У вас, видимо, установлен суммированный учет рабочего времени. С периодом - 1 год.
Особенность суммированного учета заключается в том, что учет рабочего времени в отличие от поденного и недельного допускает отклонение продолжительности рабочего времени в сутки и в течение недели от той, что установлена для данной категории работников. При этом переработка в одни дни (недели) может погашаться недоработкой в другие дни (недели) с тем, чтобы в пределах определенного учетного периода общая продолжительность рабочего времени не превышала нормального числа рабочих часов для этого периода (ст. 104 ТК РФ) . Таким образом, выполнение нормы труда – отработка нормированного числа рабочих часов – обеспечивается не за неделю, а за более длительный период (в вашем случае - год) .
При суммированном учете работник в отдельные периоды времени может перерабатывать норму рабочего времени (ч. 1 ст. 104 ТК РФ) . Например в один месяц больше нормы, а в другой меньше. Однако такая переработка считается сверхурочной работой только в том случае, если она имеет место по окончании учетного периода (ч. 1 ст. 99 ТК РФ) . То есть по итогам года. Как раз ваш случай. При чем тут больничные и отпуска, если вы в это время и так не раболи? Ваш работодатель мог бы на это сослаться только в том случае, если бы у вас была переработка по итогам факта отработанного времени (скажем вы были в отпуске, то есть в течение года работали только 11 месяцев, и по итогам этих 11 месяцев часов у вас было отработано больше нормы часов, установленной за эти 11 месяцев, но в течение год из за отпуска отработано меньше годовой нормы. Тогда это переработкой не считается) . Но у вас переработка по итогам учетного периода. А значит оплачиваться она должна так:
Работа, выполненная сверх нормального числа рабочих часов за учетный период, должна оплачиваться как сверхурочная в соответствии со ст. 152 ТК РФ. За первые два часа она оплачивается не менее чем в полуторном размере, а за последующие часы – не менее чем в двойном.

По закону допскается не более 120 часов в год сверхурочных. Так что у вас имеется нарушение ТК по нескольким статьям:
недопустимый график работы, слишком большая переработка
Заниженный размер оплаты сверхурочных: в полуторном размере оплачиваются только первые полтора часа, остальное в двойном
отпуска и больничные измеряются не в часах. а в календарных днях, и рабочим временем не являются. При расчете сверхурочных эти периоды полностью исключаются

Продолжительность сверхурочной работы (даже с согласия работников, часть третья ст. 99 ТК РФ) ) не может превышать 120 часов в год во всех случаях (часть пятая ст. 99 тк РФ) . Больше - ни минуты!! ! Что там у вас за отнимания часов - непонятно, но ясно одно - нарушения налицо. Обратитесь в Гострудинспекцию или в прокуратуру - порядок наведут быстро, практикой проверено.