Есть ли практика признания коллективного договора недействительным работодателем?

Работодатель проиграет. Надеюсь, профсоюз знает статью 30 Трудового кодекса (ТК) РФ и может представлять интересы не только членов профсоюза, если он уполномочен еще и и работниками, не являющимися членами профсоюза.
Не думаю, что работодателю будет интересно (при наличии уже подписанного им коллективного договора! ) узнать только в суде и за деньги (госпошлина + расходы профсоюза) о полномочности профсоюза, он мог это получить бесплатно при подписании коллективного договора.

Выписка из ТК РФ прилагается.

Статья 30. Представление интересов работников первичными профсоюзными организациями
…
Работники, не являющиеся членами профсоюза, могут уполномочить орган первичной профсоюзной организации представлять их интересы во взаимоотношениях с работодателем по вопросам индивидуальных трудовых отношений и непосредственно связанных с ними отношений на условиях, установленных данной первичной профсоюзной организацией.

Подобное решение должно приниматься (и оспариваться) ТОЛЬКО в судебном порядке. По сути, руководство должно доказать В СУДЕ тот факт, что первичная профсоюзная организация, участвующая в переговорах, НЕ БЫЛА ПОЛНОМОЧНА в части представления интересов работников. Пусть попробуют судиться с профсоюзом, а там посмотрим, кто окажется прав.. . а если ущемляются интересы ЛЮБОГО работника - то он имеет полное право подать иск в Трудовой Арбитраж (комиссию по разрешению трудовых споров).

коллективный договор вправе оспорить любое лицо, чьи права, свободы либо законные интересы нарушены названым договором..

Профсоюзная организация первичная существует.
Она представляет только членов профсоюза. Заявления со всех собрать задним числом.
Если подписали и приняли, то расторжение в путем дополнительных соглашений и суд.

Вы