Во время ревизии в магазине выявили большую недостачу

Наверное, было не совсем так, а:
недостача -45% - излишек.
Арифметически получается то же самое. Но суть немного другая:
45% от суммы недостачи - это, скорее всего, сумма недостачи, образовавшаяся в пределах норм естественной убыли. А недостачу в пределах норм естественной убыли списывают за счет предприятия.
А если есть еще излишки, то если товар однородный, часть недостачи покрыта за счет излишков (пересортица) .

Пятый Раздел Приказа Минфина РФ от 13.06.1995 № 49 "Об утверждении Методических указаний по инвентаризации имущества и финансовых обязательств".
5. Порядок регулирования инвентаризационных разниц и оформления результатов инвентаризации:
5.3. Взаимный зачет излишков и недостач в результате пересортицы может быть допущен только в виде исключения за один и тот же проверяемый период, у одного и того же проверяемого лица, в отношении товарно - материальных ценностей одного и того же наименования и в тождественных количествах.
5.4. Предложения о регулировании выявленных при инвентаризации расхождений фактического наличия ценностей и данных бухгалтерского учета представляются на рассмотрение руководителю организации. Окончательное решение о зачете принимает руководитель организации.

А уже оставшаяся недостача удерживается с виновного лица.

для начала они ОБЯЗАНЫ предъявить вам письменную претензию с расчётом, чего и сколько (ст. 247 ТК РФ) .
а уж после будете думать - платить или не платить.. .

нет письменной претензии - нет разговоров.
если пытаются удержать деньги из зарплаты - жалобу в гос. инспекцию труда (заказное письмо)