Имея временный трудовой договор, заболел за три дня до окончания

Увольнение по п. 2.ст. 77 тК РФ, производится по инициативе работодателя, следовательно здесь начинает работать следующее положение ст. 81 ТК РФ "Не допускается увольнение работника по инициативе работодателя (за исключением случая ликвидации организации либо прекращения деятельности индивидуальным предпринимателем) в период его временной нетрудоспособности и в период пребывания в отпуске. (часть шестая введена Федеральным законом от 30.06.2006 N 90-ФЗ) ".
То есть работник на срочном трудовом договоре, может быть уволен после окончания его нетрудоспособности.
В любом случае, работнику оплачивается листок нетрудоспособности, даже после увольнения. В нашем случае предприятие ничего не теряет при увольнении после выздоровления. Но лучше сделать именно так, что бы не было споров с трудовой инспекцией.

Правила расторжения такого договора определены в ст. 79 ТК РФ, где указано, что договор прекращается с истечением срока его действия. При этом о прекращении договора работник должен быть предупрежден в письменной форме не менее чем за три календарных дня до увольнения.
Тот факт, что работник в момент прекращения трудовых отношений находится на больничном и, соответственно, отсутствует на рабочем месте, не может послужить препятствием для соблюдения процедуры увольнения и расторжения договора.
Запись в трудовую книжку делается со ссылкой на п. 2 ст. 77 ТК РФ: "Уволен согласно п. 2 ст. 77 Трудового кодекса РФ в связи с окончанием срока трудового договора".

Увольнение во время нетрудоспособности не допукается только по инициативе работодателя, а здесь истечение срока срока действия договора, т. е. увольнение будет той датой, когда договор прекращает своё действие.

Работодатель вправе уволить Вас в день окончания договора. Независимо от больничного листа. Предупредив Вас об этом за три дня. Если я не ошибаюсь.