В 2005 году заключен трудовой договор с ген директором ООО. Зарплату за эти пять лет он не получал.

Если размер зарплаты был в 2005 году установлен, то Гена имеет полное право ее требовать. Остальные участники ООО будут отвечать лишь размером свих вкладов в уставный капитал (это в случае, если средств самого ООО будет недостаточно для погашения долга перед Геной)

Закон на стороне директора, поэтому договаривайтесь с ним и выплачивайте частями.

Придется выплачивать, так как в трудовом договоре есть пункт о выплате заработной платы.
для остальных участников ООО это обернется уменьшением прибыли.

1. В трудовом договоре должна быть указана заработная плата. Как минимум оклад.
2. В организации должен вестись табель учета рабочего времени, который и является основанием для начисления зарплаты. Если в табеле у него стоит например НН (неявка по невыясненным причинам) или что-то в этом роде, то эти периоды не подлежат оплате.
Если у директора есть документы, подтверждающие, что у него задолженность по зарплате, то выплатить должны 100%.
Если сумма очень большая, то работодатель в лице ООО может оформить кредит для выплаты зарплаты или составить соглашение о погашении задолженности частями. Но все это не освобождает от выплаты пеня за неустойку. Самому же генеральному не рекомендовала бы решать это через суд - получит на себя же штраф ))

Вижу, что Ваш корпоративный конфликт развивается - это вполне нормально.
Требования Вашего директора представляются вполне обоснованными,
вот только удовлетворены они будут судом, скорее всего, только в части - по причине не соблюдения срока исковой давности.
Вот Вам выдержка из Закона:

Статья 392. Сроки обращения в суд за разрешением индивидуального трудового спора

Работник имеет право обратиться в суд за разрешением индивидуального трудового спора в течение трех месяцев со дня, когда он узнал или должен был узнать о нарушении своего права, а по спорам об увольнении - в течение одного месяца со дня вручения ему копии приказа об увольнении либо со дня выдачи трудовой книжки.
Работодатель имеет право обратиться в суд по спорам о возмещении работником ущерба, причиненного работодателю, в течение одного года со дня обнаружения причиненного ущерба.
(в ред. Федерального закона от 30.06.2006 N 90-ФЗ)
При пропуске по уважительным причинам сроков, установленных частями первой и второй настоящей статьи, они могут быть восстановлены судом.

Извините, но напрашивается вопрос, ПОЧЕМУ он 5 лет не обращался с требованием, 5 лет его устраивало что ему не платят зарплату, а теперь он вспомнил об этом .
И насколько я знаю существует срок давности 3 года, поэтому если и взыщет суд то только за последние 3 года . ( я не юрист и это мое мнение )