Стоило уведомлять работников за 2 месяца о прекращении дополнительных выплатах?

В соответствии с абз. 5 ч. 2 ст. 57 Трудового кодекса РФ условия оплаты труда (в том числе размер тарифной ставки или оклада (должностного оклада) работника, доплаты, надбавки и поощрительные выплаты) подлежат обязательному включению в трудовой договор.
В соответствии со ст. 72 ТК РФ изменение определенных сторонами условий трудового договора допускается только по соглашению сторон трудового договора, за исключением случаев, предусмотренных ТК РФ. Соглашение об изменении определенных сторонами условий трудового договора заключается в письменной форме.
О предстоящих изменениях определенных сторонами условий трудового договора, а также о причинах, вызвавших необходимость таких изменений, работодатель обязан уведомить работника в письменной форме не позднее чем за два месяца (ч. 2 ст. 74 ТК РФ) .
Вы все сделали правильно, уведомив работников за 2 месяца. Вы могли и сами, до проведения ревизии обнаружить данное нарушение.
А предписание ревизионной комиссии не является поводом для нарушений действующего законодательства. Иначе, в следующую ревизию это Вам отметят как новое нарушение. В моей практике ревизора такое уже было.

Установление каких-либо временных надбавок в пользу физических лиц само по себе имеет календарные границы, заранее оговариваемые сторонами трудового договора - работодателя с одной стороны и работника с другой стороны. Таким образом, наличие предупреждения об их дальнейшей отмене не обязательно, так как работник уже при введении надбавки знает ограниченный календарный период ее получения.
Кроме того, введение временной надбавки несет само по себе конкретный смысл - выполнение большего объема работ или обязанностей в течение определенного времени, срочность отдельных работ и т. п. С отменой целевых обстоятельств, в связи с которыми вводилась надбавка, работодатель вправе привести оплату труда в соответствие с ее величиной, получаемой при нормальных условиях трудовой деятельности.