Как оформить увольнение за прогул, если работник не выходит на работу уже 2 месяца?

Никак не оформить пока вы его не найдете и если с ним все в порядке он должен написать объяснительную по поводу своего отсутствия, либо комиссия должна составить акт об отказе дачи объяснительной.
А вдруг он в больнице в коме и не может вас об этом известить а вы его собрались увольнять.

Знаете где живет этот работник? берете трудовую, журнал выдачи трудовых, едете к нему домой и под подпись торжественно вручаете трудовую

Может он уже умер?
Обычно берется объяснение, делается разбор случая.

А если отсутствует по месту проживания, пишите участковому, что бы зафиксировал пропажу. Самый долгий процесс за увольнение наблюдал почти год

Пишите уведомление: Иванов В. В. , вам необходимо дать объяснения по факту отсутствия на работе с по, едете к нему домой (комиссионно, 3 человека) , вручаете уведомление под роспись. Через два дня составляете акт об отсутствии объяснений, увольняете за прогул, ему отправляете уведомление: вам необходимо забрать свою трудовую книжку или дать письменное согласие на ее отправку по почте. А вот если вам не удастся поймать такого работника дома, то тогда все гораздо хуже, можно опросить и заактировать соседей, жив- не жив, болен-или бодро бегает и т. д. я один раз увольняла такого работничка на основании акта опроса свидетелей, которые подтвердили, что он жив-здоров и где-то работает.