Как принять оформить работника на график работы день через (по 12 часов) день ...

С чего Вы взяли, что будет большая недоработка? Будет большая переработка. В октябре при таком графике у одного будет 180 часов (15*12), у другого 192 часа (16*12) при норме 168 часов, в ноябре у каждого по 180 часов при норме 167 часов. Оптимальный график 2/2 по 12 часов и обязательно суммированный учет рабочего времени, лучше с учетным периодом год (за год часы более менее выравниваются).

у них вообще-то будет переработка около 100ч в году. В ТД так и написать: сверхурочные часы, отработанные по итогам учетного периода, оплачиваются в соответствии с ТК РФ

А где сказано, что работать надо обязательно не менее 40 часов? Ведь получать зарплату они буду за конкретно отработанные часы ?

40 часов- это норма, и меньше может быть, если стороны согласны, так и указать суммированный учет рабочего времени

Статья 104. Суммированный учет рабочего времени
Когда по условиям производства (работы) у индивидуального предпринимателя, в организации в целом или при выполнении отдельных видов работ не может быть соблюдена установленная для данной категории работников ежедневная или еженедельная продолжительность рабочего времени, допускается введение суммированного учета рабочего времени с тем, чтобы продолжительность рабочего времени за учетный период (месяц, квартал и другие периоды) не превышала нормального числа рабочих часов. Учетный период не может превышать одного года.
Порядок введения суммированного учета рабочего времени устанавливается правилами внутреннего трудового распорядка.