3 дополнительных дня к отпуску за ненормированный рабочий день должны прибавлять, если работаю меньше года?

Конечно входят. Но вот только при расчете компенсации или удержания будут свои правила расчета и намного больше двух недель положено.
1). 31:12=2.58 дня отпуска за каждый полный отработанный месяц
2). 2.58 х 10 мес = 25.8 дней заработанного отпуска, в данном случае округление идет в пользу работника то есть за отработанный период Вам положено 26 дней отпуска
3). если Вы отгуляли 31 день то минус 26 дней = к возврату у Вас за 5 дней полученного авансом отпуска.

Вы были уже в отпуске и еще какие-то 2 недели должны. За что?

Статья 116. Ежегодные дополнительные оплачиваемые отпуска
Ежегодные дополнительные оплачиваемые отпуска предоставляются... работникам с ненормированным рабочим днем
Статья 119. Ежегодный дополнительный оплачиваемый отпуск работникам с ненормированным рабочим днем
Работникам с ненормированным рабочим днем предоставляется ежегодный дополнительный оплачиваемый отпуск, продолжительность которого определяется коллективным договором или правилами внутреннего трудового распорядка и который не может быть менее трех календарных дней.
Порядок и условия предоставления ежегодного дополнительного оплачиваемого отпуска работникам с ненормированным рабочим днем в организациях, финансируемых из федерального бюджета, устанавливаются Правительством Российской Федерации, в организациях, финансируемых из бюджета субъекта Российской Федерации, - органами власти субъекта Российской Федерации, а в организациях, финансируемых из местного бюджета, - органами местного самоуправления.
Статья 120. Исчисление продолжительности ежегодных оплачиваемых отпусков
При исчислении общей продолжительности ежегодного оплачиваемого отпуска дополнительные оплачиваемые отпуска суммируются с ежегодным основным оплачиваемым отпуском.

Статья 127. Реализация права на отпуск при увольнении работника
При увольнении работнику выплачивается денежная компенсация за все!!!! неиспользованные отпуска.

31/12мес- компенсация за один месяц равна: , 2, 58 кал. дня Х среднедневной заработок;
Вы не отработали получается всего 2 месяца, поэтому вы должны написать заявление на удержание, а бухгалтерия должна удержать следующую сумму:
2Х2, 58Хсредненевной заработок .

По действующему трудовому законодательству, устроившись в организацию работник имеет право пойти в отпуск первый раз уже через шесть месяцев работы и работодатель не может в этом препятствовать. Как я понимаю, Вы своим правом воспользовались. Теперь по существу. При увольнении работодатель обязан произвести перерасчёт. Так что "отдавать" Вам ничего не придётся. Излишне выплаченные суммы будут у Вас просто удержаны. А вот при увольнении до истечения года оплаченные три дополнительные дня безусловно возвращаются. Хотя, если Вы работаете не в бюджетной сфере, то все эти удержания производятся либо не производятся по решению Вашего руководителя. Удачи!