Есть договор между работодателем и работником (см.внутри)

договор - это доказательство, а закон - правовое основание. . первое будет рассматривать, на второе опираться..

Статья 9 ТК РФ. Регулирование трудовых отношений и иных непосредственно связанных с ними отношений в договорном порядке

В соответствии с трудовым законодательством регулирование трудовых отношений и иных непосредственно связанных с ними отношений может осуществляться путем заключения, изменения, дополнения работниками и работодателями коллективных договоров, соглашений, трудовых договоров.
Коллективные договоры, соглашения, трудовые договоры не могут содержать условий, ограничивающих права или снижающих уровень гарантий работников по сравнению с установленными трудовым законодательством и иными нормативными правовыми актами, содержащими нормы трудового права. Если такие условия включены в коллективный договор, соглашение или трудовой договор, то они не подлежат применению.

С переходом к рыночной экономике парадигмой российского трудового права стало, принятое в ряде экономически развитых стран, договорное регулирование трудовых отношений, что и было закреплено Трудовым кодексом Российской Федерации 2001 года, вступившем в силу с 1 февраля 2002 года, согласно ст. 16 которого, трудовые отношения возникают между работником и работодателем на основании трудового договора, заключаемого ими в соответствии с Трудовым кодексом. Трудовой кодекс всё более становится рамочным законом, очерчивающим границы трудовых отношений за которые не рекомендуется выходить его участникам. Более детально прописаны регулятивные нормы участников трудовых отношений в бюджетной сфере, что же касается частного сектора, то здесь большинство вопросов взаимоотношений работников и работодателей оставлено на их собственное усмотрение, вследствие чего, особенно в этом секторе, возрастает роль индивидуальных трудовых договоров, коллективных договоров и соглашений. Трудовыми договорами, коллективными договорами и соглашениями работники и работодатели вправе самостоятельно устанавливать условия по тем вопросам трудовых отношений, которые не урегулированы законодательными нормами.

На договор, в части, не противоречащей закону.

Вопрос довольно интересный )

полагаю прежде всего следует рассмотреть ст. 57 ТК РФ, а так же иные нормы трудового законодательства ...

при рассмотрении дела в суде, судья будет опираться на закон и ту часть трудового договора которая не противоречит закону ...