Как объяснить проверяющему расхождение в наименовании должности в штаном расписании и ЕКС ?

В Трудовом кодексе РФ не закреплена обязанность работодателей применять данный классификатор. Предприятия могут вводить в штатное расписание должности, не предусмотренные классификатором, но отвечающие требованиям конкретного производственного процесса.
Справочники устаревают и многие должности, появившиеся в последние годы, в них отсутствуют (например, должность офис-менеджера, мерчандайзера и пр.) . Поэтому различия в наименованиях должностей, профессий, специальностей в квалификационных справочниках и в кадровых документах организации допустимы. Однако если с выполнением работ по определенным должностям, профессиям, специальностям связано предоставление компенсаций и льгот либо наличие ограничений, то наименование этих должностей, профессий или специальностей и квалификационные требования к ним должны соответствовать наименованиям и требованиям, указанным в квалификационных справочниках, утверждаемых в порядке, устанавливаемом Правительством РФ (ст. 57 ТК РФ, п. 3.1 Инструкции № 69). Иначе права на льготы работник иметь не будет.

Закон требует соответствия должности в ШР и ЕТКС только в том случае. если должность подразумевает льготы (льготный выход на пенсию) , мерчендайзер явно к этому не относится.

Тк РФ.
Статья 57. Содержание трудового договора
(в ред. Федерального закона от 30.06.2006 N 90-ФЗ)

...Если в соответствии с настоящим Кодексом, иными федеральными законами с выполнением работ по определенным должностям, профессиям, специальностям связано предоставление компенсаций и льгот либо наличие ограничений, то наименование этих должностей, профессий или специальностей и квалификационные требования к ним должны соответствовать наименованиям и требованиям, указанным в квалификационных справочниках, утверждаемых в порядке, устанавливаемом Правительством Российской Федерации;

Есть ещё и письмо Роструда по этому случаю.

Боюсь что не получится. Это иностранное название, а у нас что то типа товароведа. У нас даже к записям в трудовой прикапались, не только к штатному расписанию.