Руководство утверждает, что продавцом была принята в оплату фальшивая купюра и намеревается высчитать ее номинал с з/п.

Незаконно! Должен быть соблюден порядок, установленный ТК РФ для взыскания материального ущерба! До принятия решения о возмещении ущерба конкретными работниками работодатель обязан провести проверку для установления размера причиненного ущерба и причин его возникновения. Для проведения такой проверки работодатель имеет право создать комиссию с участием соответствующих специалистов.
Истребование от работника письменного объяснения для установления причины возникновения ущерба является обязательным. В случае отказа или уклонения работника от предоставления указанного объяснения составляется соответствующий акт.
Работник и (или) его представитель имеют право знакомиться со всеми материалами проверки и обжаловать их в порядке, установленном Трудовым Кодексом!

Взыскание с продавца недопусмтимо в силу того, что он не является специалистом в области экспертизы фальшивок и не обязан проверять ее на 100% точность. Если ошибается аппаратура, то чего говорить про продавца. В банках люди профессионалы ошибаются, а в магазине и подавно. Издержки ложаться на предприятие, а не на продавца. Жлоб этот работодатель, который потребует возврата 1000 рублей.

Не имеет в любом случае, это ответственность магазина а не продовца который только его представляет.

Конечно, не правомерно. Руководство для избежания таких случаев обязано Вас обеспечит аппаратом, который проверяет на подлинность купюры (извините, не знаю как он называется) . В противном случае - убытки за его счёт. Работник не при чём!