проблемы после бывших "специалистов"

Тоша, на тот момент действовала ИНСТРУКЦИЯ ПО ЗАПОЛНЕНИЮ ТРУДОВЫХ КНИЖЕК от 10 октября 2003 г. N 69 и там п 5.2. При прекращении трудового договора по основаниям, предусмотренным статьей 77 Трудового кодекса Российской Федерации (за исключением случаев расторжения трудового договора по инициативе работодателя и по обстоятельствам, не зависящим от воли сторон (пункты 4 и 10 этой статьи) , в трудовую книжку вносится запись об увольнении (прекращении трудового договора) со ссылкой на соответствующий пункт указанной статьи.

т. е. однозначно надо было указывать ссылку на 77 статью, т. е. нарушением являлось.

Исправить можно так (там же, п. 1.2):
1.2. В разделах "Сведения о работе" и "Сведения о награждении" трудовой книжки зачеркивание ранее внесенных неточных, неправильных или иных признанных недействительными записей не допускается.
Например, при необходимости изменения конкретной записи о приеме на работу в разделе "Сведения о работе" после соответствующей последней в данном разделе записи указывается последующий порядковый номер, дата внесения записи, в графе 3 делается запись: "Запись за номером таким-то недействительна". После этого производится правильная запись: "Принят по такой-то профессии (должности) " и в графе 4 повторяется дата и номер приказа (распоряжения) или иного решения работодателя, запись из которого неправильно внесена в трудовую книжку, либо указывается дата и номер приказа (распоряжения) или иного решения работодателя, на основании которого вносится правильная запись.
В таком же порядке признается недействительной запись об увольнении, переводе на другую постоянную работу в случае признания незаконности увольнения или перевода самим работодателем, контрольно-надзорным органом, органом по рассмотрению трудовых споров или судом и восстановления на прежней работе или изменения формулировки причины увольнения. Например: "Запись за номером таким-то недействительна, восстановлен на прежней работе". При изменении формулировки причины увольнения делается запись: "Запись за номером таким-то недействительна, уволен (указывается новая формулировка) ". В графе 4 делается ссылка на приказ (распоряжение) или иное решение работодателя о восстановлении на работе или изменении формулировки причины увольнения.
При наличии в трудовой книжке записи об увольнении или переводе на другую постоянную работу, впоследствии признанной недействительной, по письменному заявлению работника выдается дубликат трудовой книжки без внесения в него записи, признанной недействительной. При этом в правом верхнем углу первой страницы дубликата трудовой книжки делается надпись: "Дубликат". На первой странице (титульном листе) прежней трудовой книжки пишется: "Взамен выдан дубликат" с указанием его серии и номера.

А на счет наказания? Могут выписать до 5 тыс. за ошибки, да и то по совокупности. Никаких виновных действий в вашем случае нет.

ссылка: http://www.consultant.ru/online/base/?req=doc;base=LAW;n=44948#p37

в трудовую книжку следует внести изменения. во первых нужно внести запись о переводе на другую должность (поднять приказы, наверняка ведь не с ровного места перевели его) , ну и в записи об увольнении исправить ст 80, на п. 3 ст. 77