как оформить трудовой договор на совмещение по другой профессии внутри учреждения

в чем сложность? ? Написать заявление на совмещение, издать приказ ..

Оформляете по форме, принятой на предприятии. Только указываете, что это не основная работа, а по совмещению. Указать размер оплаты труда (по договоренности) . Если работа временная, то указать срок окончания договора. Издать приказ на работу по совмещению . В табеле одна строчка, т. к. работа по совмещению выполняется в течении основного рабочего времени, без отрыва от основной работы.

не договор, а дополнительное соглашение, остальное как всегда.

Вам надо определиться с понятиями. Что у Вас: совмещение или внутреннее совместительство? Это разные вещи. Если совмещение, то новый договор не нужен, а нужно дополнительное соглашение к договору, который уже есть, в котором прописывается дополнительная работа, доплата за совмещение и т. д. Если у Вас внутреннее совместительство, то все оформляется так, как при приеме нового работника: трудовой договор (в нем должно быть указано, что это договор на работу по совместительству, условия оплаты, режим работы и т. д) , приказ о приеме на работу и т. д.

Выгоднее - по трудовому отдельному договору

Внутри организации - это совмещение. И оно оформляется дополнительным соглашением к уже существующему трудовому договору. Заключается соглашение, издается приказ, запись в трудовую не производится. Оплата должна производиться в размере 50 % (если другое не оговорено в коллективном или другом локальном документе) , так как по ТК больше не положено. Можно выполнять дополнительную работу по договору подряда, тогда оплата будет по договоренности с руководителем ( но это если он сможет сформулировать Ваши обязанности так, чтобы они были отличны от штатных).