А с серой зарплатой точно никаких гарантий что ее выплатят при увольнении или все же есть нюансы?

если вы соберете документальные доказательства того, что получали больше, чем указано в договоре (например, добудете копии ведомостей со своей подписью) и найдете несколько свидетелей, которые подтвердят ваши слова, то в суде, вы, возможно, докажете свои права на "серую" зарплату. но, есть один "маленький" нюансик, о котором работодатель знает, а вы, я так понимаю, нет. доказав, что вы получали зарплату больше, чем та, с которой вы уплачивали налог на доходы физических лиц, вы благополучно подведете себя под ст. 198 УК РФ "Уклонение от уплаты налогов и (или) сборов с физического лица" и в итоге выплатите весь НДФЛ, который всё это время не платили да еще и штраф заплатите.
вот и посчитайте, если вы, например, год проработали, получая в конверте 30000 руб. , то вы должны будете уплатить в налоговую 30000 х 12 х 13% = 46800 руб. недоимки по НДФЛ плюс еще "небольшой" штраф в соотвествии со ст. 198 УК РФ: ..."Уклонение от уплаты налогов и (или) сборов с физического лица путем непредставления налоговой декларации или иных документов, представление которых в соответствии с законодательством Российской Федерации о налогах и сборах является обязательным, либо путем включения в налоговую декларацию или такие документы заведомо ложных сведений, совершенное в крупном размере, наказывается штрафом в размере от ста тысяч до трехсот тысяч рублей или в размере заработной платы или иного дохода осужденного за период от одного года до двух лет, либо арестом на срок до шести месяцев, либо лишением свободы на срок до одного года. "

как вы думаете, почему в стране, в которой большая часть работающих получает "серую" зарплату, суде и труд. инспекции до сих пор не захлебнулись от потока подобных заявлений? и почему работодатели так смело платят зарплату в конвертах?

Это только докажет, что вы вошли в преступный сговор, чтоб не платить налоги.

А на сколько больше платили?

Шансы будут, если представите доказательства получения серой зарплаты и ее размера.

ну серую з\п вам вряд ли выплатят, ну а на счет задержек з\п и переработок есть шансы.