Здравствуйте! Если работник работает в организации с 1998 года, то каким же числом заключать с ним трудовой договор?

Обязанность работодателя заключать в письменной форме трудовые договоры с давно работающими работниками действующим законодательством не предусмотрена. Однако письменное оформление трудового договора с такими работниками отвечает интересам обеих сторон трудовых отношений, поскольку таким образом закрепляются основные права и обязанности сторон.
Согласно ст. 67 Трудового кодекса РФ, введенного в действие Федеральным законом от 30.12.2001 N 197-ФЗ, стороны обязаны при приеме на работу заключить трудовой договор в письменной форме.
До 01.02.2002 в действовавшем тогда Кодексе законов о труде РФ также была предусмотрена необходимость заключать трудовые договоры в письменной форме (ст. 18). Однако на практике трудовые договоры до 01.02.2002 в большинстве своем в письменной форме не заключались.
Если работник до 01.02.2002 поступил на работу без заключения трудового договора, то документ, на основании которого он был принят на работу, следует рассматривать как трудовой договор.
В настоящее время отсутствие трудовых договоров, оформленных в письменной форме с давно работающими работниками, может вызвать претензии к работодателю со стороны Государственной инспекции по труду и послужить основанием для привлечения работодателя к ответственности в соответствии со ст. 5.27 Кодекса РФ об административных правонарушениях.
Кроме этого, письменное оформление трудовых договоров с давно работающими работниками отвечает интересам обеих сторон трудовых правоотношений, поскольку таким образом закрепляются основные права и обязанности сторон согласно положениям гл. 10 и 11 ТК РФ.
Поэтому следует письменно оформить трудовые договоры с работниками, принятыми на работу ранее 01.02.2002, указав в них условия по состоянию на текущую дату и фактическую дату приема работника на работу. При этом, к примему, формулировка может быть следующей: "Фактическая дата начала работы - 12.12.1998".

с даты приказа, о принятии его на работу

ТД от "сегодняшнего" числа, а день начала трудовых отношений -он установлен приказом о приеме на работу т. е сегодня вы оформляете в письмнной форме (ТД) уже сложившиеся трудовые отношения на основании приказа о приеме на работу.