Правильно ли поступили в бухгалтерии.

В бухгалтерии поступили, не корректно (мягко выражаясь) . Они не рассказали Вам, что необходимо написать заявление на продление отпуска, в связи с болезнью во время отпуска. Тогда бы никаких вычетов не было.
В данном случае они не правы еще, что вычли из Вашей заработной платы, без Вашего разрешения.
Если хотите вернуть деньги сначала поговорите в бухгалтерии, что они не правы и обязаны Вам вернуть все удержанное, если не согласятся обращайтесь в трудовую инспекцию или в прокуратуру или в суд. Но учтите, что срок обращения в суд 3 месяца, после того как Вы узнали о нарушении Ваших прав.

Без вашего заявления не вправе были удерживать если начислили больше.... А Вы могли бы и не соглашаться!!!! Был бы урок бухгалтеру

Кроме того, отпуск продляетсся на период больничного
Напишите заявление в прокуратуру

Но вам же потом выплатят отпускные или компенсацию при увольнении за неиспользованные 40 дней отпуска. Вот эти отпускные с вас и вычли, а заплатили за 40 дней больничного. Разница получилась в 10 тысяч. Если бы вы продлили отпуск на 40 дней, вам бы просто оплатили больничный и все. Все верно. А как вы хотели? За один и тот же период отпускные и больничный не платят.

у вас отпуск должен был продлится на время больничного.... разве нет? и доплата соответственно...

Если больничный совпадает с очередным оплачиваемым отпуском, то отпуск продляется на количество дней больничного, либо предоставляется работнику в другое время. Так что Вы должны были получить и отпускные и оплату за больничный в полном объёме.

на бухгалтера наехать нужно, что за своеволие? они за вас решили, что вы вместо отпуска гуляли на больничном. на самом деле, вы должны были отгулять отпуск, и если ваш больничный был внутри отпуска, то отпуск продлевается, а если нет, то вы должны были написать заявление о том, что хотите чтоб вам вместо отпуска больничный оформили. на самом деле, вам должны были плюс к отпускным еще и больничные начислить. просто наши работодатели очень умные и все время хотят своих работников обмануть.