Было применено дисциплинарное взыскание в виде замечания, а потом лишили премии за два месяца - правомерно ли это?

Может быть и вполне правомерным...
Это определяется внутренним (локальным) нормативным документом Вашей организации о премиальной оплате (типа, Приказ, Положение, Колдоговор и т.п.), которым может быть установлена зависимость выплаты премии (и/или ее размера) работнику от наличия или отсутствия дисциплинарных взысканий.

в общем случае- наличие неснятого дисциплинарного взыскания является основанием для отказа в поощрении. а в качестве поощрения применяется снятие дисциплинарного взыскания

Неправомерно. Если это премия, предусмотренная системой оплаты труда, то ее могут не выплатить только за невыполнение определенных показателей работы, которые оговорены в положении о премировании. Замечание - это дисциплинарное взыскание. Если за дисциплинарное нарушение работнику объявили замечание, а затем еще и премии лишили, то получается, что за одно нарушение работник понес ответственность дважды, что недопустимо.

Премия является поощрительной выплатой, которая выплачивается по усмотрению работодателя, если иное не предусмотрено в трудовом договоре с тобой или в соответствующем акте, регулирующим премиальные выплаты. Если в вашей организации вопрос о поощрении сотрудников решает лично работодатель, то он вправе лишить тебя поощрительной выплаты, если этому есть причина. При этом работодатель вправе применить к тебе и меру дисциплинарного воздействия, т. е. объявить замечание, поскольку лишение поощрительной выплаты дисциплинарным взысканием не является.

Если в Положении о премировании в качестве показателя для невыплаты премии за расчетный период имеет место такой, как, например, наличие дисциплинарного взыскания или нарушение правил внутреннего трудового распорядка и т. п. , то имеют право не начислять.