могут ли удерживать излишки начисленной зарплаты за три месяца сразу?

А какие основания для удержания? Счетная ошибка? Из определения ВС от 20.01.2012 за номером 59-В11-17 следует, что счетной следует считать ошибку, допущенную в арифметических действиях (действиях, связанных с подсчетом) , в то время как технические ошибки, в том числе технические ошибки, совершенные по вине работодателя, счетными не являются. Сомнительным мне видится, что три месяца подряд бухгалтер не мог правильно сложить (вычесть, умножить или разделить) цифры и ошибался на одну и ту же сумму. Затребуйте для начала разъяснения по какой причине Вам излишне выплатили заработную плату, сравните материалы Вашего и дела и дела, которое я выше указала и претензию работодателю в порядке досудебного урегулирования.

нет, не имели. во-первых, для того, чтобы удержать что-то из зарплаты работника надо или его письменное согласие получить, или судебное решение. во-вторых, в данном случае удерживать более 20% нельзя.

Статья 137. Ограничение удержаний из заработной платы.
Удержания из заработной платы работника производятся только в случаях, предусмотренных настоящим Кодексом и иными федеральными законами. У держания из заработной платы работника для погашения его задолженности работодателю могут производиться: для возмещения неотработанного аванса, выданного работнику в счет заработной платы; для погашения неизрасходованного и своевременно не возвращенного аванса, выданного в связи со служебной командировкой или переводом на другую работу в другую местность, а также в других случаях; для возврата сумм, излишне выплаченных работнику вследствие счетных ошибок, а также сумм, излишне выплаченных работнику, в случае признания органом по рассмотрению индивидуальных трудовых споров вины работника в невыполнении норм труда (часть третья статьи 155 настоящего Кодекса) или простое (часть третья статьи 157 настоящего Кодекса); при увольнении работника до окончания того рабочего года, в счет которого он уже получил ежегодный оплачиваемый отпуск, за неотработанные дни отпуска. Удержания за эти дни не производятся, если работник увольняется по основаниям, предусмотренным пунктом 8 части первой статьи 77 или пунктами 1, 2 или 4 части первой статьи 81, пунктах 1, 2, 5, 6 и 7 статьи 83 настоящего Кодекса. В случаях, предусмотренных абзацами вторым, третьим и четвертым части второй настоящей статьи, работодатель вправе принять решение об удержании из заработной платы работника не позднее одного месяца со дня окончания срока, установленного для возвращения аванса, погашения задолженности или неправильно исчисленных выплат, и при условии, если работник не оспаривает оснований и размеров удержания. Заработная плата, излишне выплаченная работнику (в том числе при неправильном применении трудового законодательства или иных нормативных правовых актов, содержащих нормы трудового права) , не может быть с него взыскана, за исключением случаев: счетной ошибки; если органом по рассмотрению индивидуальных трудовых споров признана вина работника в невыполнении норм труда (часть третья статьи 155 настоящего Кодекса) или простое (часть третья статьи 157 настоящего Кодекса); если заработная плата была излишне выплачена работнику в связи с его неправомерными действиями, установленными судом.
Статья 138. Ограничение размера удержаний из заработной платы.
Общий размер всех удержаний при каждой выплате заработной платы не может превышать 20 процентов, а в случаях, предусмотренных федеральными законами, - 50 процентов заработной платы, причитающейся работнику. При удержании из заработной платы по нескольким исполнительным документам за работником во всяком случае должно быть сохранено 50 процентов заработной платы. Ограничения, установленные настоящей статьей, не распространяются на удержания из заработной платы при отбывании исправительных работ, взыскании алиментов на несовершеннолетних детей, возмещении вреда, причиненного здоровью другого лица, возмещении вреда лицам, понесшим ущерб в связи со смертью кормильца, и возмещении ущерба, причиненного преступлением. Размер удержаний из заработной платы в этих случаях не может превышать 70 процентов. Не допускаются удержания из выплат, на которые в соответствии с федеральным законом не обращается взыскание.
Как видите нет, похоже бухи прикрывают свой зад. Читайте и делайте выводы.