начальство хочет сделать из меня "козла отпущения"

Пиши как есть, а не что тебе говорят.

Если во время чьего-то хозяйничанья на складе вы лежали в больнице и никак не могли контролировать состояние склада, то данная ситуация попадает под действие ст. 239 ТК РФ в части неисполнения работодателем обязанности по обеспечению надлежащих условий для хранения имущества, вверенного работнику. Во время вашей болезни ваше начальство обязано было обеспечит сохранность склада и не допускать туда посторонних лиц, произвести инвентаризацию и при необходимости назначить временно исполняющего обязанности с заключением с ним договора о материальной ответственности. Поскольку ваши начальники рассчитывали на "авось", то теперь, естественно, не хотят оставаться крайними и пытаются все спихнуть на вас. Поэтому вам нужно не "обороняться", а самим "идти в наступление". И не объяснительную вам писать нужно, а ДОКЛАДНУЮ на имя РУКОВОДИТЕЛЯ ОРГАНИЗАЦИИ с указанием перечисленных фактов ("Я.... выйдя на работу после болезни, обнаружил на складе.... "). И напишите её в двух экземплярах, передайте через секретаря, а на копии пусть сделают отметку о приеме. Это вместе с больничным листом будет служить доказательством, что погром на складе произошел в ваше отсутствие, и если вас вздумают привлечь к материальной ответственности, вам будет с чем обратиться в Гострудинспекцию, прокуратуру или в суд. А если вы просто напишите объяснение, то ваши начальники обернут его против вас, ибо вы сами признаете вину, которой не было.

при выявлении недостачи, требование к материально-ответственному лицу предоставить письменное объяснение разумно и законно, другое дело, что дача таких объяснений право, а не обязанность работника;