Как правильно внести запись в трудовую?

Согласна, что основным работником он не стал автоматически. Условие о совместительстве - это обязательное условие трудового договора. Поэтому до внесения в него изменений ничего не меняется независимо от того, есть у совместителя основная работа или нет. Соглашение об изменении условий трудового договора обязательно. Ни в ТК, ни в Инструкции по заполнению трудовых книжек, не установлено порядка внесения записи в трудовую книжку работника, который, ранее работая по совместительству, получил статус основного работника. Судя по письму роструда... где то так:
19 │ 10 │2008│Принята на должность фармацевта; с 09.01.2008 по 19.10.2008 работа по совместительству. (если иная должность указать, в какой должности).

В том случае, если в трудовой книжке работника не было записи о работе по совместительству, в трудовой книжке работника после записи об увольнении с основного места работы в виде заголовка указывается полное наименование организации, а также сокращенное наименование организации (при его наличии). Затем вносится запись о принятии работника на работу со дня начала работы у конкретного работодателя со ссылкой на соответствующий приказ (распоряжение) и с указанием периода работы в качестве совместителя

Я там много нового нашла
kadrovik-praktik.ru/MatKadr/ObrDok/

шариковой ручкой синего цвета

Просто после записи уволен пишите обычную запись о принятии на работу со следующего дня после увольнения.
"Уволен 24.12.2014"
Вы пишите "Принят на работу 25.12.2014"

Какое "допсоглашение об изменение условий работы на основное место работы"??? Раз работник уволился с основного места работы, то место работы у вас стало для него основным. Его нужно было уволить как совместителя и принять на работу заново для работы по основному месту. И в трудовую сделать запись о принятии на работу с того времени, когда он у вас стал работником на основной работе.