Как правильно должны оплачивать использование личного авто на работе???

как в договоре укажете и согласуете

и не найдете нигде... все сугубо индивидуально... как договоритесь с работодателем!!!

Размер компенсации самостоятельно определяется договаривающимися сторонами (ст. 421 ГК РФ). Однако зачастую работодатель предлагает регламентированный Правительством РФ размер компенсации, который равен 1200 руб. в месяц для автомобилей с объемом двигателя до 2000 куб. см и 1500 руб. в месяц для автомобилей с объемом двигателя более 2000 куб. см вне зависимости от степени износа автомобиля - пробега, расхода ГСМ, ремонта и т. п. (Постановление Правительства РФ от 08.02.2002 N 92). Это объясняется тем, что компенсацию в таком размере работодатель может учитывать в расходах при исчислении налога на прибыль организации. О ней вы и пишите.
В соглашении же можно многое учесть и размер компенсации за использование автомобиля, и за износ (амортизацию), возмещение затрат, связанные с эксплуатацией автомобиля (например, затраты на ГСМ) (ст. 188 ТК РФ) и т. д.

О возмещение расходов при использовании личного имущества работника говорится в статье 188 Трудового кодекса. Размер возмещения расходов определяется соглашением сторон трудового договора в письменной форме. Поэтому для начала Вам нужно обратиться к руководству и заключить такое соглашение. В нем нужно предусмотреть и условия выплаты компенсации. Например, она может выплачиваться ежемесячно в твердой денежной сумме независимо от количества календарных дней в месяце. За время, когда работник находится в отпуске, командировке или нетрудоспособен, компенсация не выплачивается.

Основанием для выплат является приказ руководителя, в котором будет указан размер компенсации. Его он должен издать после заключения с Вами соглашения. Бухгалтерия будет перечислять деньги на его основании.