доплата менеджеру за продажи

Начните с того, сколько Вам не жалко выплачивать работнику за единицу проданного товара. Определитесь, в каких величинах Вы это будете делать: в относительных или абсолютных. А уж потом отразите это в трудовом договоре. И хорошо бы составить Положение об оплате труда для каждой категории работников. Для бухгалтерии основанием для выплате заработной платы будет Положение об оплате труда, приказ, составленный на основании документов, подтверждающий объем продаж за каждый месяц. Что касается 1С. Это уж вопрос к программистам, которые составляют программу.

У вас должно быть Положение о системе оплаты труда на предприятии. которое должно включать и Положение о премировании различных категорий работников. В нем должен быть расписан механизм премирования ( в %% от объема продаж, в в фиксированных суммах за каждую проданную единицу и т. д.) Это вы решаете. Если работников мало - можете всё расписать в ТД.
По итогам работы за месяц издается приказ в котором указывается размер ежемесячной премии каждой категории работников ( если в %%) , либо персонально.
Этот приказ - основание для бухгалтерии для начисления доплаты.

Информация об оплате труда-это существенное условие договора, оно должно быть обязательно прописано в договоре, основанием для данной информации является ЛНА "Положение об оплате труда" утвержденное в организации.

Как правильно прописать это в трудовом договоре? - читайте положение об оплате труда, выдумывать находу ничего не надо. Для записи должны быть основания, сначала Положение- Штатное расписание-Договор-Приказ о приеме-табель- бухгалтер начисление и перечисление зп. Все эти документы должны отражать информацию о "оклад и доплата"

издать приказ о доплате или прописать прямо в приказе на прием? - у вас нет оснований.

Возможно ли отразить доплату в 1С? - ) конечно.