как оформить работника?

Приказ "задним числом" издать абсолютно не проблема, а вот начислить "задним числом" зарплату, страховые взносы, переделать всю отчетность поквартально, доплатить недоимку по страховым взносам, пени и штрафы, в т. ч. штраф за предоставление недостоверных сведений, некую проблему всё же составит.

Вам не только налоги надо будет оплатить, но и штрафы за их несвоевременную уплату.
Приказ можете издать "задним числом", в коммерческой организации это не проблема. Плюс заключить трудовой договор.

Никак. Вы 2 года не делали отчислений в ПФР и в налоговую. Даже, если Вы сейчас сделаете расчёт и всё , что положено, за него заплатите, то Вам выкатят такой штраф, то мало не покажется...

Нужно было сразу оформлять по человечески. Наймите специалиста по кадровому делопроизводству и не подставляйте своих работников.

Если справка ему нужна на другую работу в качестве доказательства того, что у него имеется опыт в той или иной сфере работы, то проще сделать справку от работодателя, что этот работник у него работал по ГПК, к примеру на добровольной основе в качестве волонтера, ради получения практического опыта. Тем самым можно избежать волокиты со всеми отчислениями и уплатой штрафов (в общем от всего того, что описали выше другие ораторы) и в тот же момент показать другому работодателю, что опыт в определенной сфере имеется.
Договор естественно должен быть подписан обеими сторонами (если работодатель юрик или ИП, то с печатями) и сама справка от него должна быть надлежащим образом заверена.