Куда жаловаться на начальника, который выдаёт зарплату в конверте, а официальную не выдаёт и не оплачивает больняк?

О заработной плате в конверте вообще можете забыть, т. к. ни прокуратура, ни государственная инспекция труда, и даже суд не будут ею заниматься. Это практически недоказуемое. Вот если работодатель не выплачивает официальную заработную плату, можно обращаться во все вышеперечисленные инстанции. Можете даже приостановить работу ( ст. 142 ТК РФ), уведомив работодателя письменно.

Жаловаться нехорошо. Начальник может платить зарплату, как положено, но раза в три меньше (ему надо отчислять от зарплаты кучу налогов и страховок, отчислять бухгалтеру, который эти отчисления будет делать). Отчитываться за вас перед контролирующими органами (опять же отчисления на подарки органам и начальнику за моральный ущерб).

Оно вам надо?

Смените работу. Ищите работу с официальной зарплатой.
Доказать не получится. А уволиться все равно придется.

в соответствии с положениями ст. 352 тк рф: каждый имеет право защищать свои трудовые права всеми не запрещенными способами, в т. ч. такими как: самозащита; защита прав работников профессиональными союзами; государственный надзор за соблюдением трудового законодательства; судебная защита

Минтруда по поводу своих прав
ИФНС (налоговая) по поводу сокрытия налогов

Как куда? В налоговую! Там ничего доказывать не надо-еще и вознаграждение получите!

Вариантов несколько.
Надо смотреть по ситуации.
Если вы действительно решили жаловаться, то начать стоит с Гострудинспекции.

Один вопрос:
Если условия труда Вас не устраивают, то зачем Вы работаете?

В прокуратуру. В суд. В анонимные организации, где можно пожаловаться на ИП. Много куда. Но вам это нужно? У нас на работе один сотрудник после увольнения подал в суд, потому что ему не доплатили 10 000, все подписи и документы всё подделали. Суд даже не разглядывал что подписи этого сотрудника КОМПАНИЯ перерисовала с окна дрожащей рукой. Единственное что он смог доказать, так это то, что были штрафы, и то, суд обязал сделать письменный выговор руководителю за штрафы, и копию выговора отправить в суд, как доказательство. И ВСЁ! Да, суд сделал замечание организации за то, что зарплата чёрная, и нам быстренько сделали КУБ карточки, и нас обманывать стали ещё больше, налоги, плюс банк за снятие и пользование его услугами по 30 рублей забирает каждый месяц, и так далее. Этому говнюку сотруднику ни кто спасибо не сказал. Плюс от него жена ушла из за этого суда. И больничный в ИП, ООО ни кто не оплачивает, это уже вы сказку просите, на то и придумано ИП и ООО. Правда у нас компания солидная, и директор очень очень хороший как руководитель! Но декретные он каждой оплачивает по 20 000, и отпускные по 7000.