сотрудник отказался от прививки от кори и дифтерии на пищевом производстве

Отказаться - имеет право. Но работодатель имеет право уволить.
В ст. 5. по ФЗ «Об иммунопрофилактике инфекционных болезней» прямо указывается право граждан на отказ от профилактических прививок.

Правда, ниже в той же ст. 5 ФЗ указывается, то отсутствие профилактических прививок повлечет за собой:
-Отказ от приема на работу, выполнение которой связано с рисками заболевания инфекционными болезнями.
-Отказ (временный) от приема в оздоровительные учреждения, если есть риск массовых эпидемий или инфекционных заболеваний.
-Запрет на выезд в определенные государства (если пребывание в таких государствах требует наличия у гражданина конкретных профилактических прививок).
- Отстранение от работы, связанной с высокими рисками заболевания инфекционными болезнями.
-Отказ (временный) от приема в образовательные организации в случае эпидемий или же в случае их угрозы.

Отстранить от работы можно для начала. В последствии уволить...

надо смотреть в перечне а обязательны ли они при выполнении данных работ. если необязательны то имеет полное право без последствий отказаться. и есть ли постановление санврача о том что объявлена эпидемия по данным заболеваниям

Отстранить от работы, конечно.

ни каких! это его право

Приведу пример -сестра работает в Ашане, там с книжками строго, медкомиссия выездная, прямо у них. Так вот-сестра наотрез отказалась делать прививку от дифтерии, ей 50 и советские времена от этого прививали всех детей, но те медкарты канули в лето, старушка врач уволилась, а новый врач отказалась давать справку о бывшей прививке. Делать ее повторно никто заставить по закону НЕ МОЖЕТ, но нашли консенсус- сестра сдала кровь на антитела и все, получила официальную печать в медкнижке.

Повысить сотруднику зарплату

ну отказался и отказался. Не обязан он себя колоть, конечно, если иное не предусмотрено трудовым договором

забрать санкнижку нафиг и сотрудника туда же