Почему в англ. яз. есть два слова для обозначения вафли: waffle и wafer?

Редко бывает так, чтобы разные слова имели абсолютно одинаковое значение. Все-таки, как правило, значения / оттенки значения различны.

Waffles и wafers - разные вещи. Есть несколько видов вафель.

Wafer - это вафля в нашем обычном понимании, т. е. хрустящая, очень тонкая и сухая. Часто они укладываются слоями друг на друга с тонкой начинкой между ними.

Waffle - это толстая вафля, которую можно приготовить дома в "вафельнице". Их обычно подают с вареньем и т. п. У нас такая вафля часто называется "венская".

В русском языке тоже много синонимов, причем некоторые, например, "ровесник" и "сверстник" вообще не отличаются — ни по смыслу, ни в сочетаемости, ни в сфере употребления.
А вот у waffle и wafer отличия есть. Если в смысле съедобной вафли они являются синонимами, то у wafer есть значения, которых нет у waffle. Например, многослойная электронная плата или такой же кристалл обычно называют словом wafer; точно так же называют "облатку" для религиозного обряда, а вот "вафельное полотенце", наоборот, только "waffle towel".
Кроме того, у слова waffle есть разговорное значение "болтовня, треп" и оно может быть глаголом, означающем "трепаться, попусту болтать".

здесь речь не только о съедобных вафлях.
В электротехнике, электронике:
wafer - пластинка полупроводника, диск

например так же как слова в американской культуе и английской: candy-sweet lift-elevator и т д

Потому что есть дверная РУЧКА и РУЧКА для писанины потому что есть ЗАМОК для дверей и ЗАМОК королевский.

Синонимы.