какой вариант перевода правильный?

первый, наверное
хотя все дебильные, такая расстановка частей речи свойственна русскому, не английскому

All that was left was documents and notes. Nothing was left except documents and notes. Согласование сказуемого по числу идет с подлежащим, а не с дополнением. И согласование времен, конечно.

Екатерина, артикль не обязательно, он даже не нужен тут (= какие-то документы) . Согласование времен можно было бы, но, в принципе, при определенном стечении обстоятельств можно и без него, хотя как раз в таком случае артикль был бы к месту. Мы смотрим на документы и произносим: All that was left are the documents and notes.

Так что "All that was left are documents and notes." вполне нормальный вариант.

Я бы сказал в настоящем, правда, смысл немного меняется:
All that is left are documents and notes. - Все, что осталось, это документы и записи.

All that were left are documents and notes 3-й

Ни один из вариантов не верный так как нигде нет согласования времен.
TVK ближе всех к истине, но надо еще артикль вставить.
All that was left were the documents and notes.

Первый вариант ПРАВИЛЬНЫЙ.

ни один, во-первых не All, а Everything
во-вторых переделай предложение - Документы и записи являются всем, что было оставлено.
Documents and notes are everything that was left - чтото вроде этого

All that was left were documents and notes.

2й наверно

3 точно