Как вариант перевода land-based lower tier лучше (ЗРК "Пэтриот")?

Ну, с "ярусом" можно отбросить, а остальные... Не такие уж они все и особо правильные, по крайней мере с точки зрения расстановки членов предложения.
"Комплекс ПРО ближнего перехвата наземного базирования" - "перехвата базирования"? "Кто на ком стоял"?
"Комплекс ПРО непосредственного прикрытия войск наземного базирования" - то же самое. Не войска же наземного базирования, а комплекс наземного базирования.
"Система нижнего эшелона обороны наземного базирования" - тут то же самое, что и выше, да и вообще это, на мой взгляд, худший вариант - не перевод, а какая-то каша, смысл вообще куда-то уплыл.
"Противоракетный комплекс (ПРК) перехвата в нижних слоях атмосферы" - ну вроде бы неплохо, хотя мне кажется, что эта "атмосфера" немного выбивается из стиля. Но это мелочь. Нормальный вариант.
"Система ПРО наземного базирования, обеспечивающая нижний эшелон перехвата цели" - а вот здесь вроде бы не к чему придраться. Если оборот "обеспечение нижнего эшелона перехвата цели" законен, то я бы рекомендовал этот вариант. (Впрочем, как говорят ниже, этот оборот бессмыслен, что я вполне допускаю).

"обеспечивать нижний эшелон перехвата цели" - совершенно идиотская фраза. Эшелон перехвата нельзя "обеспечить",он либо есть, либо его нет.

И вообще, главная ошибка во всех этих вариантах - слишком много словосочетаний из одних существительных, отсюда нагромождения и ошибки. Военная лексика, если мы говорим о переводе для военных целей, совсем не так суха, как в этих вариантах.
Развивайте варианты и будет Вам счастье.

Вместо этого дурацкого "комплекс наземного базирования ближнего перехвата" элементарно скажите "наземный комплекс ПРО ближнего перехвата".
Наземная оборонная система нижнего эшелона. Это тоже коряво, но хотя бы связно.
И так далее.

Не знаю, мне ""комплекс ПРО непосредственного прикрытия войск наземного базирования" кажется вполне нормальным переводом. Можно (но я не военый, могу ошибиться) для сокращения заменить "непосредственного прикрытия войск" словом "тактический": тактический комплекс ПРО наземного базирования.