Помогите понять разницу между Is this a pen? Is this pen?поч. во втором предл. нет артикля?

Здесь все достаточно просто.
В английском языке слово this может быть указательным местоимением, которое используется для определения слов и переводится как этот/эта/эти.
This pen- эта ручка, this house - этот дом, this place - это место.
В этом случае со словами, употребляемыми со словом this, артикли не используются (ни a/an, ни the). (это Ваша вторая конструкция)
Кроме того, местоимение This используется для образования указательной конструкции this is a....
This is a pen - Это ручка. This is a house - это дом. This is a place - это место.
В вашем случае в первом предложении используется указательная конструкция this is a....а во втором имеется в виду конструкция this pen, this что-нибудь еще, в которых с местоимением this никакой другой артикль уже не используется.
В утвердительных предложениях вопросов, как правило, не возникает, эти два случая четко отличаются друг от друга.
This is a pen.
This pen is expensive/black / on the table.
А вот в вопросительных предложениях, когда глагол to be переносится вперед, может возникнуть эта трудность.
Is this a pen?
Is this pen expensive? Is this pen on the table?
То есть разница между ними та, что это разные конструкции и слово This в них выполняет разные функции.

Второе грамматически неправильно: неопределенный артикль нужен перед исчисляемым существительным в единственном числе, если данный предмет просто называется первый раз.

Второе предложение написано неправильно
Либо оно незакончено например Is this pen yours?

1. эта ручка?
2. это ручка?!