Have you ever been TO или IN Africa?

Это зависит от того, где находится тот, кого доспрашивают. Если он находится в том месте, городе, стране, про которое спрашивают, то говорят IN. А если не там, а где-то в другом месте, то TO
Например, мы сидим с Вами в Москве и я интересуюсь Вашими предыдущими поездками.
Have you ever been in Moscow?
Have you ever been to London?

(Здесь уже задавали этот вопрос, только поисковик почему-то не ищет. :(((
Ну, вот ссылка тоже неплохая http://probelov. net/lesson/1856-have-gone-to-have-been-to-ili-have-been-in.html )
Соответственно, если Вы находитесь в Африке, то спросят IN, а если не в Африке, то TO.

We say 'been to a place' = I have visited a place

I went there but now I have come back:
- Have you ever been to Japan?
- I've been to Rome four times.
- Ann has never been to a football match in her life.
- Jack has got plenty of money. He has just been to the bank.

Всегда "been to "
Have you ever been to London?
Предлог "to" указывает направление ( куда? )

Have you ever been IN Africa?

Любое можно

to

Конечно TO. Пользуйтесь Гуглом хоть иногда

Been to Africa - бывал раньше в Африке (какое-то время, количество раз);
been in Africa - нахожусь сейчас в Африке (какое-то время).

to

To