Почему в предложении If Margaret hadn't been wearing a seat belt she wouldn't have been injured в первой части

Потому что речь идёт не просто о действии в прошлом, а действии, которое ДЛИЛОСЬ в прошлом в определённый момент, поэтому нужна форма не Past Perfect, a Past Perfect Continuous/ - Если бы на ней не было ремня безопасности в тот момент, она бы получила травму в аварии.
Вторая часть должна быть положительна по логике, а не отрицательна. Ну или наоборот - первая положительна, а вторая отрицательна

hadn't been wearing - это Past Perfect Continuous - используется здесь для того, чтобы подчеркнуть продолжительность действия, на фоне которого Маргарет получила травму.

Правило согласования времен. Если во второй части Present Perfect, то в первой должен быть Past Perfect, который указывает на то, что это действие предшествовало действию во второй части.

hadn't been wearing - Past Perfect Progressive. Это продолженное время. Оно выражает действие, которое совершалось в какой-то определенный момент времени. То есть, если бы Маргарет не была пристегнута (именно в тот конкретный момент, когда она ехала) , то она не получила бы травму.

hadn't worn - простой Past Perfect. Это время выражает действие либо совершенное когда-то в прошлом, либо которое регулярно совершалось в прошлом. If Margaret hadn't worn a seat belt, she wouldn't have been injured. Если бы Маргарет не пристегивалась (всегда, регулярно) , она бы не получила травму. Видите, получается немного другой смысловой оттенок.