в выражениях "да нет наверно","да ну их"," от это да","да пошёл ты", да имеет совершенно другое значение. почему не

А язык как живой организм, он по своим собственным законам живет, а вовсе не так, как именно вам хочется. И в этом его сила и выразительность, а также жизнеспособность.

А что такое обычное ДА? И кто с ним что будет делать? Мы можем только классифицировать какую-то часть речи, что учёные и делают, но их мнение не всегда совпадает. Всё зависит от того, какой мы смысл вкладываем в эту часть речи.
Ты пойдешь в кино?
- Да нет. // Да - междометие, нет - частица
- Да, пойду. // Да - частица.

Это и есть омонимы, только морфологические.
Союз:
1.и (сопоставление) ◆ Пироги да слойки. ◆ Ты да я, да мы с тобой. ◆ Жили-были брат Иван да сестра Марья в избёнке на берегу озера. A. Н. Толстой, «Иван да Марья) »
2.но (противопоставление) ◆ Скоро сказка сказывается, да не скоро дело делается.

Междометие: усилительное восклицание, ну ◆ — Пойдём в кино! — Да не пойду я никуда!

Частица:
1.(по Далю — наречие) подтвердительный ответ на вопрос, выражение согласия; так, действительно, правильно, подлинно, правда,
◆ — Вы говорите по-русски? — Да!
2.употр. при образовании форм повелительного наклонения глагола; пусть ◆ Да будет свет! ◆ Да здравствует свобода!
3.разг. вопрос «Да? » выражает удивление, недоверие, просьбу подтвердить ◆ — Я ухожу в монастырь. — Да?