Подскажите, вот к примеру фраза fish is swimming - рыба плавает, что в данном случае означает is?

is swimming - глагол стоит во времени Present Continuous, здесь is - вспомогательный глагол. Это время употребляют, когда хотят сказать, что действие происходит в данный момент. Без is предложения не получилось бы, была бы пара слов "рыба" и "плавающая".

Глагол be впростом настоящем времени спрягается так: I am, He/she/it is, we are, you are, they are
Употребление глагола to be так многообразно, что рассказать - нужна целая лекция и не одна.

Простые случаи в настоящем времени:
1) в качестве вспоогательного глагола для образования Present Continuous
I am watching TV now. - Я сейчас смотрю ТВ.

2) глагол-связка (как бы замена русскому "есть/является":
He is clever. Он умный.
She is 21. - Ей 21 год.
I am sorry, I am late - Извините, я опоздал.
We are students. - Мы студенты.
You still aren't in shape. - Ты все еще не в форме.
They are fond of playing chess. - Они любят играть в шахматы.

Это глагол to be в настоящем времени в составе настоящего продолженного.
Вас поняли бы неправильно.

Как глагол-связка: Mary is a student.
Как вспомогательный глагол для образования страдательного залога: Silence was broken.
Как вспомогательный глагол настоящего продолженного времени: I am reading.
Бывает, что они объединяются, тогда глагола to be будет больше одного:

The work is being done.

Просто формулы надо выучить.

Ну если переводить буквально "Рыба есть плавать", is-для настоящего времени, а to be инфинитив и употребляется с другими модальными глаголами, к примеру I want to be superman.-Я хочу быть суперменом.