Ann seems to be cooking something delicious. Можно ли заменить to be на is, и вообще почему тут to be?

Заменить нельзя.
А лучше вместо того, чтобы выдергивать из предложений инфинитивы и переделывать на свой вкус английские предложения, взять да и заняться систематическим изучением грамматики.

Функции инфинитива многочисленны и разнообразны, и в школе или вузе их изучение занимает не один месяц. А до понимания сложного подлежащего, которое здесь имеет место (оно же Complex Subject или субъектный инфинитивный оборот) , вы еще не доросли.

Подробнее здесь. http://study-english.info/complex-subject.php

Потому что seems to be - это стандартный оборот, и он используется с герундием. "Кажись, Анна стряпает что-то вкусненькое".
И seems тут не связка, а смысловой глагол: кажется.

To be cooking-инфинитив в Continuous,на is заменить нельзя. Инфинитив в Cont-s указывает, что действие находится в процессе.
Кажется, что Энн готовит что-то вкусное.

1) to be на is заменить нельзя, так как здесь не личная видо-временная форма, а инфинитив
2) to be здесь является частью инфинитива (Continuous Active infinitive - to be + Ving). Континиусный инфинитив означает отнесённость к настоящему моменту, то есть показывает, что действие происходит сейчас. - Кажется, Анна готовит что-то вкусненькое.
Поскольку это не видо-временная форма глагола, а инфинитив, который является частью конструкции Complex Subject, то никаких личных форм глагола to be нет и быть не может, если вы хотите сохранить то же сказуемое - seems.
seems - сказуемое (форма Present Simple)
to be cooking - Continuous Infinitive
Именно инфинив показывает отнесённость действия, выполняемого подлежащим. Инфинитивы бывают разные, каждая из форм показывает отнесённость к тому или иному времени. Сравните:
Ann seems to be cooking something delicious. - Кажется, Анна готовит что-то вкусное.
Ann seems to have cooked something delicious. - Кажется, Анна ПРИГОТОВИЛА что-то вкусное. (Перфектный инфинив (Perfect Infinitive) показывает отнесённость к прошлому, то есть показывает, что действие уже совершилось)
Ann seems to have been cooking something delicious since morning. - Кажется, Анна готовит что-то вкусное с утра. (Perfect Continuous Infinitive показывает, что действие длится какой-то период к настоящему моменту)

Ann is cooking something delicious. - Вот здесь глагол to be уже в личной форме (видо-временная форма Present Continuous), потому что нет конструкции Complex Subject и другого сказуемого.

Маленький комментарий к ответам уважаемых Sagitta и Елены Хлопенко.
"Субъектный инфинитивный оборот" - меня это просто убивает! Да уж.. . в англ. языке есть слишком специфические грамматические темы, эквивалент которым в русском языке найти непросто, а принцип построения англ. фразы уловить еще труднее ((.
Лично я с первого захода вообще не понял Complex Subject. Со второго - начал немного понимать. Наверное, где-то только с четвертого-пятого смогу сам грамотно использовать ))

Sagitta и Елены Хлопенко дают ответы профессиональные.
Но понять Анатолия Шадоева тоже можно: сложностей хватает в английском. Иногда проще выучить стандартный оборот и строить по аналогии похожие фразы, чем глубоко лезть в грамматику.

Есть такое правило: Если после какого либо глагола можно вставить "to be" то это глагол - связка. Сам глагол "seems" связка.