На что можно заменить вопрос "How are you?"

"How do you do?"
"How are you doing?" – по-моему эти первые 2 фразы самые формальные и простые, хотя все следующие так же формальными считаются:
"How's everything?" – в добавление к этому можно "going on (with you ещё можно добавить) " или просто "for you".
"How have you been?"
"How's it going?"
"What have you been up to?" – в разговорном языке вспомогательный глагол "have" часто не говорят.
"How are things going?"
"How are things with you?"
"How's your business (можно добавить going или doing)?"
"How are you getting along?" – зависящая от какого нюанса, с этим можно спросить что то подробное о каких то делах. На пример, какому то вузовцу придётся сделать презентацию и у него спрашивает его преподаватель "How are you getting along?", значит он хотель про заданную его студенту презентацию спросить.

Остальные скорее всего считаются сленговыми, неформальными, разговорными, и как и следовать ожидать, здесь уже грамматические правила не важны:

"What's up?" (включая "Sup?", "waddup?" и т. д. )
"How you been?"
"What's new?"
"What's good?"
"How's it hanging?"
"How's by you?"
"How's tricks?" – да и tricks в мн. числе
"What's shaking?"
"How's everything rolling?"

How*s life?

How well?

How are you getting on?

How do you do?

whats up, how are you doing