To go by bus -почему by, ведь by -отдельно переводится как "по"?

У вас слишком скудное представление о предлоге by. Открываю более-менее объемный словарь и вижу довольно много значений:
by - при, около; вдоль; через, посредством; соответствует русскому творительному падежу; указывает на время (к такому-то сроку); согласно, по; близко, рядом; мимо;

Вот одно из этих значений - через, посредством - и используется в выражениях типа: to go by bus, to go by train и т. п. То есть дословно это значит ехать посредством автобуса, поезда. Но по-русски это звучит несколько странно, и мы переводим, используя привычные разговорные выражения: ехать на автобусе, на поезде. Или: ехать автобусом, поездом.

Да-да, а "stand by me" переводится как "стой по мне", конечно.
Вот почему тарелка на столе стоит, а вилка лежит - не задумывалась? Вот по этой же причине "by".

большая ошибка - путать языки

Предлоги нельзя переводить вне контекста, ведь каждый из них имеет несколько значений, поскольку может быть и предлогом места, и предлогом времени, например.
to sit by the window - сидеть У окна
by mistake - ПО ошибке
by 5 o'clock - К пяти часам
by plane - самолётом

Ну не пешком же идти, а на автобусе.

при изучении иностранных языков, вы должны забыть русский. он очень мешает при изучении иностранных языков... нужно думать по иностранному. вы хотите англ подстроить под русский, никогда такого делать нельзя. проблема русских что они думают по русски и говорят просто подставляя слова. нужно научиться думать по английски, немецки, итальянски. языки похожи по составлению фраз. иногда нужно просто запомнить так и все... русский язык не похож на них поэтому ненадо подставлять слова. если надо говорить by то запомните и говорите так. есть правила и иногда их просто нет...

Здесь не переводится отдельно. Это устойчивые выражения, связанные с передвижением.
By train, plane... Кроме on foot- пешком