Как учить новые слова из прочитанной книги?

Можно выписать, а можно и не выписывать. Слова, которые часто встречаются, могут запомниться сами (это называется непроизвольное запоминание, не стоит его недооценивать). А слова, которые вы выпишете и посмотрите, могут и не отложиться. Если потом просмотрите свои записи, может обнаружиться, что выписывали одно и то же слово три-пять раз. Значит, оно не очень важное.
В общем, не зацикливаться.

Смотря для чего вы вообще читаете эту книгу. Если для развлечения, в порядке отдыха - можно даже вообще пропускать незнакомые слова и непонятные грамматические конструкции. Это не помешает общему пониманию текста.
Другое дело, если ваша цель - чтение с целью улучшить свой английский. Тогда следует выписывать и даже заучивать новые слова. За исключением тех, которые явно относятся к совсем редко встречающимся.
Только я советую писать не в тетрадку. Скачайте и научитесь пользоваться компьютерным тренажером слов, например, BX Memo. Там можно создать свой словарь. Вот в него и пишите, и с ним тренируйтесь. Это интереснее и эффективнее, чем с традиционной тетрадкой. Да, и тренажер еще позволит избежать неоднократного выписывания одного и того же слова.

я люблю способ "подчеркнуть-перевести-дойдя до конца страницы выписать в список"... но такой способ -- увы -- портит книжку :(

да, стоит, например записывать в Word или Excel. Если слово встречается редко, то оно уйдет, если часто - то быстрее запомнится.

Lingualeo.ru