I have never been to India. Yes, I __________. Какой короткий ответ нужно вставить? Yes, I have или Yes, I haven't?

Вася это не вопрос, а утвержднение поэтому ответа не требует
И потом спрашивает человек у кого у самого себя?
В третьих если даже так то вопрос бы звучал
Have You ever been ?
то есть были ли вы когда-либо А не вы бы никогда хотя для русского это приемлимо. Но в английском это было бы вы никогда не были по смыслу то есть звучало бы, как никогда небыли вы. Это опять же больше на утверждение похоже.

Yes I have / No I haven't

смешивать нельзя

А какой, собственно, ответ, если нет вопроса?
Если изложить то же самое другими словами - то "No, I haven't". Но это не ответ на вопрос (которого нет).

В английском языке двойное отрицание равно утвердительному предложению - I will not never do it = I will do it. В русском языке двойное отрицание равно одному отрицанию - "Я ничего не хочу" = Я не хочу всего = я хочу ничего.
А когда один профессор лингвистики на лекции заметил, что нет ни одного языка, в котором бы двойное УТВЕРЖДЕНИЕ означало бы отрицание, студень с задней парты тут же откликнулся: - Ну да, конечно!

Что касаемо собственно вашего вопроса, то, как справедливо заметили все выше, - он лишён смысла и логики.
Переведём для ясности на русский:
"Я никогда не была в Индии. Да, я ______ " - ЧТО? Я - ЧТО? БЫЛА? ИЛИ НЕ БЫЛА?
что вы собственно ЖЕЛАЕТЕ сказать: - Да, я никогда не была, или Нет, я таки была в той Индии? От этого и зависит формулировка. Без этого, кто ж вам ответит?

Yes, I haven`t.