В чем разница?

Может учебник открыть? Там четко написано, причем в самых началах
что do это вспомогательный глагол и вопрос должен строиться с ним как Does he have a car?

В некоторых учебниках даже приложения есть с грамм схемами и тп в конце

Has he (got) a car? - брит.
He has a car. - утверждение
Does he have a car? - амер.

Второй вариант не катит, потому что англичане почти не слышат интонацию. Хотя, последнее время потихоньку учатся этому. Глобализация)

1. Do/does используют при построении отрицательных и вопросительных предложений.
- I do not speak English.
- Do you speak English?
- She does not play chess.
- Does she play chess?
2. Есть исключения из этого правила. Модальные глаголы (must, can, may и др.), а также глагол to be обходятся БЕЗ вспомогательных do /does:
- I cannot swim.
- Can you swim?
- He is not not a fool.
- Is he a fool?
3. И есть некоторая путаница с глаголом have. Было время, когда в Британии он имел такой же статус, как глагол be, т. е. не нуждался в do-does. Когда я 50-55 лет назад учился в школе и институте, нас учили говорить:
- I have not a dog.
- Have you a dog?
Я это хорошо усвоил, но гораздо позже, когда я заново стал учить английский, оказалось, что в разговорном английском все зачем-то говорят I have got вместо простого I have, и мне пришлось переучиваться и строить такие конструкции:
- I haven't got a dog.
- Have you got a dog?
А потом выяснилось, что для американцев have - совершенно такой же, как все остальные глаголы, и они спокойно говорят:
- I don't have a dog
- Do you have a dog?
Мне этот вариант больше нравится, он логичный. Поэтому переучиваюсь еще раз.))

Does he have a car? - вопрос в Present Simple
He has a car. - утверждение в Present Simple