Существуют ли причислявшиеся ранее к народной этимологии слова, ныне научно признанные?

Если с натяжкой немецкие (фоер) и французские (фойе) производные от латинского фоцис.

Этимология - раздел языкознания, который устанавливает происхождение слова, то есть его истинное первоначальное значение.
Берем слово «базар», которое начало употребляться в русском языке с XIV-XV веках, заимствовано из тюркских языков, видимо, из татарского. В татарском языке обозначает «крытый рынок». До XIV века в русском языке не встречалось, появилось как результат татарского влияния, первоначально в южных говорах.

В процессе употребления слово обрастало новыми значениями, содержание его становится шире его внутренней формы. Первоначальное, исходное значение начинает забываться.
Например, немногие знают, что слова «долина» и «ладонь» являются родственными. Генеалогический корень здесь - «дол» в значении «низ». Цепочка: дольнь - долонь - длань - лодонь - ладонь. Слово «обруч» давно не роднится со словом «рука», хотя корень «рук» у них одинаковый. Однокоренными являются слова «кора», «скорняк», «шкура», «изскура» - «скоро» (шкура). Однокоренными являются лова «целина, целковый, целовать», целовать - желать быть здоровым, целым. Однокорневыми являются слова «щука, щупать, щуплый», щуплый - тот, у кого можно ощупать кости.

В результате забвения исходных этимологических значений слов и утраты внутренней формы в языке становятся возможны такие сочетания слов, который на взгляд лингвистов бессмысленны - «белое белье, черные чернила», первоначальные значения слов в словосочетании логически несовместимы.

Например, слово «подушка» сближается со словом «ухо», хотя на самом деле этимологический корень здесь «дух». Слово «курносый» по народной этимологии это тот, у которого нос как у курицы, но с курицей здесь на самом деле нет никакой связи. Раньше в обиходе было слово «корноносый», первый корень которого связан со словом «обкорнать», т. е. сделать коротким. В результате «корноносый» превратилось в «курносый», и произошло сближение со словом «курица». «Близорукий» - тот, кто близко руки к глазам подносит. Однако на самом деле существовало слово «близозоркий» (зоркий вблизи), превратившееся опять же в результате гаплологии в «близоркий», и вновь сближение - со словом «рука». По всем этим причинам в детском понимании, например, слово «всадник» - тот, кто работает в саду, «деревня» - где много деревьев, «лодырь» - кто делает лодки, «мельница» - жена мельника.

Этимология изучает происхождение слов. "Народная этимология" - иногда так именуют научное фричество помешавшихся на лингвистике психов. Слова не могут "причисляться к этимологии" - ни к нормальной этимологии, ни к аномальной.

Язык есть народ. Что тут ещё добавить? Если этого понимания нет, то это клиника. С подобного филолуха погоны сразу надо срывать.