Почему у иероглифа 日 онные чтения "нин" и "джин", но в слове 日本, он читается как "ни"?

Возможно, причина фонетическая.
Звук /n/ встречается перед /d/, /t/, /r/, и /n/. Он переходит в /m/ перед слогами рядов /b/, /p/ и /m/. Перед /g/ и /k/ произносится как [ŋ]. А перед остальными звуками и в конце слова произносится носовой /ñ/, заднеязычный щелевой звук, аналога которому в русском языке нет.

Звук /ñ/ произносится при расслабленных мышцах полости рта: задняя часть языка слегка сближается с мягким нёбом, но смычки не образует, а воздушная струя одновременно проходит через рот и нос, голосовые связки напряжены.

Например:
hon /hoñ/

Если за /ñ/ следует гласный звук, то в транскрипции за ним следует апостроф, например: mihon'ichi (в отличие от konnichi).
Звук /ñ/ является слогообразующим.

nihongo.aikidoka.ru/6-vvedenie.html
nihongo.aikidoka.ru/8-vv_lesson2.html

Возможно, когда-то 日本 произносилось /niñhoñ/.

Когда кандзи используется в сложном слове, это нормально если их звучание немного искажается или сокращается. Чаще всего просто огрублется, как ками - бумага, но при этом ориГами и тэГами, но иногда и идёт сокращение, например нити до ни.

Japanese kun: -か、 ひ、 -び
Japanese on: ジツ、 ニチ
Japanese names: あ、 あき、 いる、 く、 くさ、 こう、 す、 たち、 に、 にっ、 につ、 へ
--
Это оны и куны иероглифа 日 из весьма пристойного словаря.
Как видите にっ среди них имеется.

Онное чтение - ничи. При озвончении читается Ниппон.

Потому что, японцы специально намудрили с онёми и кунёми, чтобы иностранцы мучались и путались ! (А нин и дзин это хито (человек)